履约保函和保证金的区别在于履约保函在办理的时候手续非常的繁琐，但是在保函当中会有一个明确的有效期，在到了这天之后，乙方的钱就会自动从银行获得自由，而不需要甲方同意或者是不同意。 而办理履约保证金的话，那么总体的手续就比较简单了，只需要直接交钱给买方或者是是交易中心，就能够对于我们的合同进行现金的保障，但是履约保证金只能够保证合同的正常进行，到了约定时间之后，我们的本金并不是能够马上就收回来的。 因此，双方选择履约保函是一个比较明智的选择。
预付款保函承包人要求银行向业主(发包人) 出具的保证业主所支付的工程预付款用于实施项目的一种信用函件。投标人在中标后签订的合同中规定，承包人委托银行向业主出具的由业主按合同规定向承包人支付一笔工程预付款，及时用于实施项目的保证函件（即A委托B向C作出担保，担保内容是C按合同约定向A支付的预付款确实在用于项目的实施）。担保银行应为业主所接受。如承包人不履约，业主可凭保函向担保银行索赔。
承包商履约担保是指由保证人为承包商向业主提供的，保证承包商履行工程建设合同约定义务的担保。承包商履约担保可采用银行保函、专业担保公司的保证的方式。承包商履约担保的有效期应当在保证合同中约定。保证合同约定的有效期截止时间为工程建设合同约定的工程竣工验收合格之日后的30天至180天。承包商履约担保的担保金额一般是工程建设合同价格(中标价格)的5%-10%，也有20%的，但一般多不超过30%。
把保函与跟单信用证相比，当事人的权利和义务基本相同，所不同的是跟单信用证要求受益人提交的单据是包括运输单据在内的商业单据，而保函要求的单据实际上是受益人出具的关于委托人违约的声明或证明。这一区别，使两者适用范围有了很大的不同，保函可适用于各种经济交易中，为契约的一方向另一方提供担保。另外，如果委托人没有违约，保函的担保人就不必为承担赔偿责任而付款。而信用证的开证行则必须先行付款。