重视调肝，硫木扶土，以平为期 肝主疏泄，主一身气机的升降出入。《素问·宝命全形论篇》云“土得木而达。”脾为至阴之脏，必赖肝之疏泄，始能运化水谷以化生气血。陈士铎《石室秘录》云：“肝，克土也……土得木以疏通，则土有生气矣。明确指出了肝气升发泄对于脾升胃降、脾运胃纳的重要作用。 连老从临证实践中体会到，脾胃病因肝郁而发者十之六七。“肝为起病之源，胃为传病之所”，若肝失疏泄，气机郁结则脾胃升降失常，壅滞成病；或疏泄太过，横逆而犯，脾胃受戕；或脾胃虚弱，肝木乘之，气乱为病。因此，肝气无论太过或不及，均可直接影响脾胃的运化功能。故《血证论》云：“木之性主疏泄，食气人胃，全赖肝木之气疏泄之而水谷乃化；设肝之清阳不升，则不能疏泄水谷，渗泄中满之症，在所不免。 肝病易传脾胃，故在脾胃病时应以开郁为先，疏肝柔肝之法贯穿始终，肝脾胃三脏共调，以平为期。正如叶天士所云，“治脾胃必先制肝”、“醒胃必先制肝，培土必先制木”，实为从肝论治脾胃之纲领也。若以肝气横逆为主而脾虚不甚者，以柴胡疏肝散加味为主，舒畅肝气；肝气郁滞兼有脾虚者，则以逍遥丸加减疏肝健脾；肝郁化火者，方选景岳化肝煎解肝郁、清肝火；若肝火灼伤胃阴者，投以一贯煎加少量黄连来疏肝清肝、和胃降逆；若土壅木郁，因脾胃尖健而影响肝之疏泄功能者，以越鞠丸加味，和脾胃，疏肝木；若以脾虚失运为主而兼肝郁者，则以归芍异功散为主，培土以荣木。临床如已见肝病，则无有无脾胃病症状，时均应辅以健脾胃、助运化之品，方合仲景“见肝之病，知肝传脾，当先实脾”之意。 连老指出，肝为刚脏，喜柔润之性，因此遣方用药时宜痿叶天士“忌刚用柔”之说，适当配合白芍、当归等柔肝，也可用山萸肉、五味子酸甘化阴、以养阴柔肝，还可选用生地、枸杞以滋水涵木。巰肝时要注审而不伤阴，常用川朴花、绿萼梅、佛手等微辛而不燥烈耗阴之品，避用辛温苦燥之药，或在药中酌加养胃阴之品，如北沙参、麦冬、玉竹、石斛等，则无耗伤胃阴之弊。
连建伟认为，胆为“中正之官”，清净之腑，恶烦扰，恶壅郁；又主决断，谋虑出焉，若病后，或久病而宿有痰饮未消，胸膈余热未尽；或胃中痰饮邪热郁结，胃失和降，痰热必然随胃气之逆而犯胆腑，使其欲清不得，欲静不能，必伤少阳温和之气，以致虚烦不得眠、胆怯心悸等。方中半夏辛温，燥湿祛痰、和胃降逆，为君药。陈皮辛苦温，燥湿化痰、和胃，茯苓健脾祛湿，生姜辛温，祛痰止呕，又可解半夏之毒，均为臣药。竹茹性寒，清热涤痰、除烦止呕；枳实苦微寒，下气行痰，与半夏相配，气顺痰消，气滞得畅，胆胃得和，均为佐药。少量甘草调和诸药，以为使。恐大枣之滋腻碍湿，故去之不用。诸药合用，化痰而不燥，清热而不寒，使痰热尽去，胆腑自然恢复其少阳温和之气，故以“温胆”名之。
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2002年被国家人事部、卫生部、国家中医药管理局确定为“全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师”。编著出版了《历代名方精编》、《金匮方百家医案评议》、《古今奇效单方评议》、《金匮要略校注》、《中医必读》、《连建伟中医传薪录》等著作。并先后担任国家规划教材《方剂学》编委、副主编，主编,协编教材中药专业《方剂学》副主编，共发表专业论文80余篇。《金匮要略校注》获国家中医药管理局1992年度中医药科技进步二等奖。精于脉理，平脉辨证，擅长运用经方及后世各家医方，数方相合，化裁得宜，尤对内科脾胃病有丰富的经验。